土豆还是马铃薯？
作为一个地地道道的马铃薯爱好者，看到这个问题真的感到无比愤怒！！！ 先摆结论：题主的疑惑实际上来自于现代汉语和普通话里面一个常见的词形讹变现象。这个讹变过程是这样的：
“土豆”在明代小说里出现了（《封神演义》里有“土台”“土台”，《金瓶梅》里有“新买小姨子唤做李娇儿”）；
“土豆”到清初变得普及了（顺治帝喜欢的《红楼梦》里有“贾母命取了来与贾政等看”；《儒林外史》里有“拿过一个小孩子似的”）；
但这时“薯”字还没有变成“洋芋”；
到了民国时期，“薯片”“薯条”出现并流行起来（叶绍翁《四时田园杂兴》有“家家糯米鸡”，袁枚《随园食单·薯脯》有“熟烂成酥，捣细，加糖作脯，最益小儿。此物嫩时，切片曝干，甚佳”）；
同时为了迎合西方人的口味，有人开始把“土豆”叫作“洋芋”（俞平伯《咏洋芋》有“直译原名曰‘洋芋’”，张中行《负暄琐话》也有记载）；
之后，从上世纪50年代到70年代，由于中苏关系破裂和反修防修的需要，“洋芋”在官方文件里变成了“土豆”（如1964年三届全国人大一次会议上的《政府工作报告》里有“去年我们扩大了马铃薯、甜菜、甘蔗的种植”）并在民间广泛流传；
80年代后，随着改革开放的深入，“洋芋”再次成为正式名称并沿用至今。 而“马铃薯”一词则一直少见于书籍文献，直到21世纪初才出现在国家语言规范文件中——这主要是受到网络用语的影响（如百度百科早在2005年就标注“马玲薯”为“马铃薯”的俗名），并由此蔓延至大众媒体（如《科学报》2013年报道“马铃薯含有一种特殊的基因”……）。所以，“洋芋”就是“马铃薯”的俗称，毫无疑义。
至于为什么会造成这样的误解，我想应该是来源于外语翻译。英语里的potato原指欧洲栽培的马铃薯（也就是“洋芋”），而spud则是澳洲栽培的马铃薯。但是澳大利亚离我国十分遥远，况且人家本来就是土著，所以这种称呼方法显然不合国情。于是，一种新的翻译方法就派上用场了：根据词源理论，将potato音译过来便是“土豆”，而将spud意译过去就成了“薯片”。这样，既迎合了国外产品的需要，又避免了方言误会的麻烦，实在是两全其美。